临床上的贲门癌，也可以说成是胃癌的特殊类型，应和食管下段癌区分。但是它又与其他部位的胃癌不同，具有自己的解剖学、组织学特性和临床表现，独特的诊断和治疗方法，目前的外科治疗效果普遍较差。它在临床表现上还很容易与其它上呼吸道疾病相混淆，在诊断时需要鉴别区分开来：
1、食管憩室：食管憩室也常有吞咽不适，胸骨后疼痛等症状，但很少有吞咽困难，通过钡餐检查，不难鉴别。
2、外压性食管梗阻：食管受外压而引起吞咽困难者可能：①邻近器官的异常，如异位锁骨下动脉、双主动脉弓、主动脉瘤、胸内甲状腺等。② 纵隔原发性或转移性肿瘤、巨大淋巴结、肺结核瘤或肺癌等。外压性吞咽不适，食管只见移位，粘膜无破坏。除恶性肿瘤引起外压症状发展较快外，其他外压引起吞咽困难程度进展缓慢。
3、食管炎：本病临床表现与早期食管癌相似，细胞学检查见食管上皮细胞重度增生或炎症改变。
4、食管良性狭窄：常常是食管烫伤或化学灼伤的后遗症，可追查出吞服强酸或强碱史。这种疤痕狭窄有可能癌变，尤须警惕。
5、贲门失驰缓症：患者年龄较轻，女性多见，虽吞咽困难，但非进行性，可因情绪变化而间歇发生，病程长，进展缓慢。X线检查可见狭窄上段食管高度扩张，钡剂呈漏斗状通过贲门部，狭窄部可因注射阿托品或吸入硝酸戊酯而松解。
6、食管或贲门部的良性肿瘤：常见为食管平滑肌瘤，病程长，症状亦轻。X线可见圆形或卵圆形有时呈分叶状的充盈缺损，表面光滑，粘膜无破损。
7、功能性吞咽困难：这类病人主诉常有食管异物感，阻塞感，吞咽不畅，甚至吞咽困难，如重症肌无力病人可有此表现，食管镜及细胞学检查并无阳性发现。吞钡检查食管无异常。
